El del Puerto de Santa María debutó con el Real Betis en la temporada 2000-2001, tras solo una temporada en el filial verdiblanco. Así con apenas 19 años comenzó su andadura en el fútbol profesional uno de los jugadores más longevos que ha tenido la Liga Española.
Su primer gol con el Betis data del 14 de octubre del 2000, con los verdiblancos en Segunda División. Aquel día se impusieron a la Universidad de Las Palmas por 2-0.
Lograron el ascenso y Joaquín empezó a tener un papel cada vez más relevante en el equipo.
El primer gol de Joaquín en la máxima categoría llegó en el Benito Villamarín el 9 de septiembre de 2001. Los locales ganaron 2-0 al Espanyol y el canterano abrió el marcador en el minuto 11.
Cuando volvió al Betis en 2015, casi una década después de su salida, pocos pensaron que aun le quedaban otras 8 temporadas como verdiblanco.
